O Ministério Infantil da Igreja Presbiteriana de Florianópolis tem como relevante trabalho, também, o “Culto Infantil”. As famílias vêm para o horário  de culto e este trabalho ocorre apenas no culto das 19h30m, e num determinado momento, mais precisamente no momento em que é pregada a mensagem da palavra aos adultos, as crianças são conduzidas ao departamento infantil onde elas poderão participar de um culto infantil, onde elas cantam, oram e também aprendem sobre o evangelho de Cristo Jesus a luz da compreensão e entendimento delas. A vantagem de um trabalho como esse é que no momento da reflexão, tanto os pais que ficam no tempo, como as criança que vão Edifício de Educação Infantil têm a oportunidade de aprender a mensagem do evangelho de uma maneira adequada e com tempo hábil. Cada um a seu modo, do seu jeito, aprendendo sobre o que significa ser um verdadeiro discípulo e discípula de Cristo Jesus.